Das Vorwerk Bärwinkel wurde in den Jahren 1801-1803 nach Plänen Schinkels errichtet. Schinkel, welcher ein Jahr vor Baubeginn quasi das Erbe Friedrich Gillys übernahm, d.h. mit der Fortführung seiner begonnenen und geplanten Projekte (vor dessen Ableben während eines Kuraufenthaltes) durch Gilly selbst betraut wurde, begann dies gerade einmal im Alter von 19 Jahren!
Als ursprüngliche Nutzung des Molkenhauses war im Bereich des Nordschiffes die Wohnung des Vorwerk- Verwalters untergebracht.
Im Südschiff war die Käsekammer integriert.
Das Mittelschiff diente im Erdgeschoß der Aufbewahrung und Verarbeitung der Milchprodukte. Das Obergeschoß wurde mit hoher Wahrscheinlichkeit auch als Versammlungsort einer Freimaurerloge genutzt. Hierfür sprechen u.a. auch die Anordnung der Fenster. Ein abgeschlossener, von außen nicht einsehbarer, intimer Raum wurde hier geschaffen, welcher sich hervorragend für solche Versammlungszwecke anbot. Diese Art der Nutzung lässt auch Schlussfolgerungen auf die Wahl des Bautypus zu. Die Funktion als Versammlungsort bekam eventuell im Entwurfskonzept ihre Entsprechung in der Form einer Basilika. Eventuell bezog sich Schinkel hierbei auf die ursprüngliche, d.h. antike Funktion von Basiliken, welche eben nicht sakraler, sondern profaner Art war, nämlich als Versammlungsort in den Stadtzentren.
Die fortführende Nutzungsgeschichte verlief weniger kontinuierlich. Wie bereits erwähnt, machten Einbauten mehrerer Wohneinheiten den Bau zu einem seiner ursprünglichen Nutzung zeitweise entfremdeten Objekt. Dramatischer für das Molkenhaus in seiner materiellen Substanz waren jedoch die Phasen von ausbleibender Nutzung. Diese bedeuteten Verfall einzelner Bauglieder des Molkenhauses und natürlich auch der umliegenden, zum Vorwerk gehörenden Komplexe.
Wann die anfängliche Nutzung als Molkenhaus eingestellt wurde, ist nicht genau nachzuvollziehen.
Das gesamte Ensemble als auch das Molkenhaus erfuhren im Laufe der Zeit eine Vielzahl von Umbaumaßnahmen.
Die äußere Hülle des Molkenhauses scheint die ersten neunzig Jahre seines Bestehens unverändert geblieben sein.
Eine der ersten Veränderungen im Innenbereich geschah im Jahre 1840 (Einziehen des Gewölbes über der Käsekammer im südlichen Querschiff, Umbauten in der Käsetrokenkammer).
Zu umfangreichen Umbauten kam es im Jahre 1894 und Folgejahre. Hierbei wurden beide Seitenschiffe aufgestockt, nach Westen hin verlängert.
Das Molkenhaus wurde zu dieser Zeit auch verputzt.
Durch die weitreichenden Umbaumaßnahmen, besonders um 1900 wurde die Silhouette, das äußere Erscheinungsbild des Baus so stark überformt, dass die Wahrnehmung der ursprünglichen Kubatur nur noch partiell möglich war.
Der Charakter der neoromanisch- basilikalen Architektur wurde von der zeitgenössischen Architektursprache um 1900 dominiert. Der Bau hatte in seiner äußeren Erscheinung eine Entwertung zum gewöhnlichen Wohnhaus erfahren.
Weitere große Umbaumaßnahmen erfolgten dann im Jahre 1948. Seit diesem Jahr verläuft auch eine Grundstücksgrenze mitten durch das Gebäude, d.h. nahezu entlang der Raumgrenzen des nördlichen Schiffes.
In diesem Bereich erfuhr das Molkenhaus in den Nachkriegsjahren substantielle Umbaumaßnahmen. Dabei wurden u.a. sowohl die ursprünglichen Grundrisse der einzelnen Räume, die Anordnung der Fenster- und Türöffnungen, als auch der Verputz im Innen- und Außenbereich verändert bzw erneuert. Die neuen Nutzungsansprüche dominierten dabei den bauhistorisch-schutzwürdigen Charakter der Anlage.
